桥本氏甲状腺炎的病因认为是遗传因素和多种表里环境因素相互作用所形成的。

发病的机制首要仍是一个本身免疫的缺点，它可所以细胞免疫和体液免疫都共同参与损害甲状腺，形成慢性甲状腺炎，它同时也可能有其他的免疫性的疾病，比如说Addison（慢性肾上腺皮质功能减退），也能够有恶性的贫血，也能够有干燥综合征，也能够有SLE（系统性红斑狼疮）等等这些本身免疫性的疾病。

也有人称这个慢性甲状腺炎为本身免疫性的甲状腺炎。

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